Agus Pakpahan dilahirkan dan dibesarkan di Sumedang. Di kota ini ia menyelesaikan pendidikan mulai dari tingkat Sekolah Dasar hingga menamatkan Sekolah Menengah Atas Negeri Sumedang pada tahun 1973.
Ia kemudian melanjutkan pendidikan tinggi di Institute Pertanian Bogor (IPB) pada tahun 1974 dengan memilih Fakultas Kehutanan (Fahutan)sebagai bidang studinya. Di Fahutan pada masa itu disediakan pilihan jurusan studi bidang sains dan teknologi.
Bersama dua orang temannya yaitu Moira Moeliono dan Imam Santoso (alm.), ia memilih jurusan sains. Di jurusan ini ia berkenalan dengan mata ajaran yang berkesan di hatinya: entomologi, fisiologi tanaman, dan mikrobiologi.
Untuk tesis S1-nya, ia meneliti perilaku Hypsipyla robusta yang diberi pakan pucuk mahoni yang berbeda usianya. Tetapi kemudian, setelah menyelesaikan studinya di Fahutan, ia memilih hijrah untuk bekerja di Pusat Penelitian Agro Ekonomi, Badan Litbang Pertanian.
Ia melakukan hijrah profesi atas dasar minatnya untuk mendalami ekonomi sumberdaya alam dan ekonomi pangan. Dalam menata karir di bidang ini, ia mendapatkan kesempatan untuk belajar di Michigan State University (MSU).
Dari Department of Agricultural Economics di MSU ia memperoleh gelar Doctor of Philosophy (Ph.D) pada tahun 1988. Sekembalinya dari MSU, ia sempat meniti karir di PSEKP (nama baru PAE) sebagai peneliti dan Kepala Bidang Tata Operasional Penelitian.