Heiner Bielefeldt menempuh studi strata sarjana di tiga bidang berbeda: filsafat (Universitas Bonn, tamat 1981), teologi Katolik (Universitas Tubingen, 1982), dan sejarah(Universitas Tubingen, 1988). Gelar doktor filsafat dia peroleh pada 1989 dari Universitas Tubingen dengan disertasi tentang teori kontrak sosial.
Pada 1993-1994, dia menjadi pengajar di Fakultas Hukum dan Departemen Filsafat, Universitas Toronto, Kanada. Pada 1995, dia menjadi dosen di Fakultas Hukum, Universitas Heidelberg, Jerman.
Pada 2000, dia berpindah menjadi dosen filsafat di Universitas Bremen, Jerman.
Sejak 2003 hingga 2009, dia ditunjuk sebagai Direktur The German Institute for Human Rights yang memantau situasi HAM di dalam negeri Jerman. Pada 2009, dia diangkat sebagai guru besar di bidang HAM dan kebijakan HAM, Universitas Erlangen, Jerman.
Selama 2010-2016, dia ditunjuk sebagai Pelapor Khusus PBB di bidang Kebebasan Beragama atau Berkeyakinan.